2018-2019 sezonunun ara transfer döneminde Fenerbahçe’ye transfer olan Miha Zajc, yeni sezon öncesi yeniden takıma dahil oldu.
Ocak 2019’da sarı-lacivertliler ile 4.5 yıllık sözleşme imzalayan Zajc, 2020-2021 sezonu öncesi İtalyan ekibi Genoa’ya kiralandı.
2022 yazında ise takımın başına geçen Jorge Jesus ile birlikte alternatif oyuncu olan Zajc, 23 lig maçının 12’sinde sahaya 11’de çıkarken, tüm kulvarlarda 34 maçta 5 gol, 4 asistle sezonu tamamladı.
Sloven futbolcu, Fenerbahçe formasıyla 122 maça çıkarken 20 gol, 19 asistlik performans sergiledi.
Sarı-lacivertlilerle sezonu Ziraat Türkiye Kupası şampiyonluğu ile tamamlayan Zajc’ın sözleşmesi de Haziran 2023’te sona ermişti.
Oyuncu ve menajeriyle görüşmelerini sürdüren Fenerbahçe, 3 yıllık yeni sözleşmeye imza atacak.